Les auteurs antiques ne connaissaient pas la ponctuation : les mots et les phrases se suivaient sans aucune rupture. Chez les Romains, l’emploi du verbe en fin de phrase permettait de repérer les coupures de phrases. Au Moyen Âge et à l’époque moderne, des symboles sont apparus pour ponctuer le texte, c’est-à-dire marquer certaines pauses, noter succinctement les intonations et, surtout, se dégageant rapidement d’une simple imitation de la voix, donner du sens à l’énoncé. La ponctuation, du moins dans les langues qui l’utilisent depuis longtemps, sert aussi — surtout — à une langue écrite littéraire, qui l’utilise comme code ; une longue période qu’il serait difficile de comprendre par la lecture et qu’un locuteur n’aurait pas la possibilité d’improviser naturellement peut ne prendre son sens qu’après examen de la ponctuation.

Au IIe siècle av. J.-C., Aristophane de Byzance, peut-être, avait défini pour l’alphabet grec un système comportant trois types de points pour marquer la ponctuation : le « point d’en haut » pour la fin d’une phrase, le « point médian » marquant une pause moyenne et le « point d’en bas », une courte pause. C’est aussi l’auteur des diacritiques de l’alphabet grec, lesquels sont à l’origine de certains des diacritiques de l’alphabet latin.

Voilà ce qu'écrit Jacques Drillon dans son "Traité de la ponctuation française" :

« Alors qu'on écrit depuis six mille ans, on doit aux deux successeurs de Zénodote d'Ephèse à la tête de la bibliothèque d'Alexandrie, Aristophane de Byzance (-257 - ~180) et Aristarque de Samothrace (-220 - ~143), d'avoir introduit un ensemble de codes (appels de notes, division du texte en chapitres, titres, etc.) qui sont un peu les ancêtres de notre ponctuation ou, plus justement, de la plus élémentaire mise en page.

« Aristophane de Byzance employa le premier ce qu'on peut nommer signes de ponctuation. Ils étaient au nombre de trois :

1° le "point parfait" (un point placé à l'extrémité supérieure de la dernière lettre d'un mot), qui indiqauit que le sens de la phrase était complet, et dont l'équivalent actuel serait à peu près l'alinéa ;
2° le "sous-point" (placé à l'extrémité inférieure d'un mot), qui indiquait une légère suspension de sens et qu'on retrouve aujourd'hui dans la fonction du point final ;
3° le "point moyen" (à mi-hauteur), équivalent au point-virgule. Mais les copistes respectaient rarement ces conventions, qui restèrent longtemps le propre des correcteurs (déjà), et le signe d'un luxe. [...]
« On dit en général que la ponctuation, telle qu'on peut en admettre aujourd'hui sinon la lettre du moins l'esprit, remonte au VIIIe siècle. Pierre Larousse cite des manuscrits plus anciens (Ve et VIe siècles) totalement dépourvus du moindre signe, et qui présentent souvent des mots liés entre eux  ; il tient même qu'on date un manuscrit d'après sa ponctuation. Le blanc avant les mots se généralise au VIIe siècle, s'impose au siècle suivant et devient pratiquement de règle au cours des deux cents ans qui suivent. Les systèmes varient d'un auteur ou d'un copiste à l'autre. Ici, des points ; là, des chevrons ; là encore, des « trois points ». Et, soudain, tout se bloque, rien ne passe plus. La ponctuation, jusqu'au XIIIe siècle, n'évolue plus : elle se contente de la multiplicité des systèmes. Le plus étrange est qu'elle ait survécu.

« A partir de cette époque, la ponctuation s'en tient au point et à la virgule ; au deux-points, parfois ; chez les plus avancés, quelques signes supplémentaires sont employés. Son rôle est alors plus esthétique que grammatical : on pourrait même parler de mise en page. Si la majuscule était employée dans des manuscrits assez anciens (Hélène Naïs cite la Conqueste de Constantinople de Villehardouin, qui date du XIIIe siècle), la capitale d'imprimerie fut introduite par l'imprimeur Tory (1533), suivie de l'apostrophe, qui permet de séparer l'article du substantif. [...] Hélène Naïs déclare que cette ponctuation n'avait pas de valeur syntaxique, non plus que respiratoire, mais qu'elle permettait « d'insister sur ce qui, selon le scribe (ou l'atelier), constitue le principal centre d'intérêt du texte.

« Ces quelques signes ont suffi à donner lieu au premier traité de ponctuation (atelier de la Sorbonne, 1470) [...] Enfin Gutenberg vint. Les livres s'impriment, et les codes deviennent « typographiques ». Voilà la seconde vraie révolution depuis la découverte du blanc [pour séparer deux mots], et qui accompagne, au milieu du XVe siècle, l'invention de l'imprimerie : un fossé se creuse aussitôt entre imprimé et manuscrit. Du couple formé par l'auteur et le copiste, le second disparaît, et se voit remplacé par le typographe — qui entend dicter sa loi.

« On trouve, grâce à Dolet (1540), imprimeur lyonnais cher à Clément Marot (2), mais aussi à Rabelais, tout un ensemble de signes qui rappelle l'arsenal dont nous nous servons aujourd'hui : la virgule, le point, le deux-points, les parenthèses, le point d'exclamation et le point d'interrogation (lui-même emploie les alinéas, le §, le Vs (3), les lunes, les soleils, les pieds de mouche, la croix (+), l'astérisque, le losange, la petite main - qu'on retrouve aujourd'hui dans les logiciels d'informatique - et autres signes savants). »